Trình tự cấp Giấy chứng nhận được quy định thông qua 3 bước: Thẩm xét hồ sơ; thẩm định cơ sở và cấp Giấy chứng nhận. Sau khi có kết quả thẩm xét hồ sơ hợp lệ, trong thời gian 10 ngày làm việc, cơ quan có thẩm quyền có trách nhiệm thẩm định cơ sở. Trường hợp cơ sở đủ điều kiện ATTP theo quy định, cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận cho cơ sở. Thời hạn hiệu lực của Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm là 3 năm. Thông tư cũng quy định về việc phân cấp cơ quan cấp Giấy chứng nhận. Cụ thể: Chi cục ATVSTP tỉnh, thành trực thuộc Trung ương chịu trách nhiệm cấp Giấy chứng nhận cho các cơ sở có quy mô kinh doanh từ 200 suất ăn/lần phục vụ trở lên. UBND (hoặc cơ quan có thẩm quyền) quận, huyện, thị xã và thành phố trực thuộc tỉnh chịu trách nhiệm cấp Giấy chứng nhận cho cơ sở kinh doanh dịch vụ ăn uống có quy mô kinh doanh dưới 200 suất ăn/lần phục vụ. Thông tư có hiệu lực từ ngày 15/2/2015.